作为企业各方面关系的一个重要交汇点，企业对专卖店的管控也显得尤为关键。对于加盟型专卖店的管控，企业与加盟商之间常见的冲突与矛盾主要集中在以下几个方面：依存关系的认识误区：缺乏归属感恐怕是加盟商与企业之间最大的矛盾。
当售卖从摆摊进入商超，从专柜晋级为专卖店，销售终端的晋级反映的是消费市场的晋级，买卖双方关系由简朴买卖进化为情感以至更高层次关系的表现。
对于企业而言，专卖店不仅仅是简朴的产品售卖场所，更是企业品牌门脸。背靠专卖店而依存的关系，不仅有企业与顾客关系，更有企业与加盟商之间的关系。作为企业各方面关系的一个重要交汇点，企业对专卖店的管控也显得尤为关键。无论是在规范体系、管理制度以至店面的人力辅导等多方面，企业都极其谨慎以对。
目前，专卖店的权益属性比较普遍的两类分别为：一是由企业直营的品牌专卖店，二是授权加盟的专卖店。直营专卖店由于人事物等各方面关系及资源均出自企业自身，因而管理方面的问题次之而重实际行销;而授权加盟的专卖店人事物等各方面关系及资源只有部分以至极少部分把握在企业手里，企业对此类专卖店则更重于实际管控。
对于加盟型专卖店的管控，企业与加盟商之间常见的冲突与矛盾主要集中在以下几个方面：依存关系的认识误区：缺乏归属感恐怕是加盟商与企业之间最大的矛盾。加盟商觉得从装修、雇员、管理、销售等方方面面自己要么出大部分钱，要么亲力亲为，属于出钱又出力的辛苦创业，专卖店如何经营是自己的事情，企业只要做好产品研发、物流交货就可以了。另外一种较为普遍的看法是，加盟商觉得企业与自己也只是简朴的生意关系，要么觉得其过于干涉自己，要么觉得企业不把自己当亲儿子，不专心尽力，不管自己死活。
对于很多选择加盟品牌专卖店的加盟商而言，大抵是受“大树底下好乘凉”的蛊惑，然而作为企业而言，显然不希望出现“大树底下杂草丛生”的景象出现，于是修修剪剪在所难免，然而分寸轻重缓急，往往成为企业与专卖店冲突的导火线。其实，对于双方而言，认识到真诚的伙伴关系至关重要。
企业与加盟商之间不是生意关系，企业与专卖店的利益标的是一致的，企业不仅要做好体系规范下的管理，更要做好市场竞争下的专卖店服务。而专卖店既不能抵触企业管理，更不能过度等靠企业增援，确切地说，企业对加盟商而言，是资源性的合作伙伴。这种资源不只是提供部分广告投入的报销，更包括市场信息、产品、竞争力提升等多方面。
规范体系与专卖店实际运营之间的冲突：企业都有规范的专卖店管理与运作手册，以规范、指导并管理专卖店的方方面面。从CIS规范、商品货架陈列、销售话术以至接待环境与礼仪等方方面面，管理手册都会做详细的说明指导。然而，企业常常会遇到专卖店执行打折扣，以至根本不遵照执行的情况。企业要考虑品牌形象之于竞争力的作用与关系，而专卖店却常常以实际情况为由改变以至将管理手册弃之不顾。
在巡店督导过程中，企业往往会发现店招不规范，偷工减料，未严格执行CI标准，店面员工销售礼仪、助成物运用及5S管理等方面执行不到位。这些看的见得违规如果尚能够好说好改，那么潜藏在背后“看不见”的违规，则可能不那么好触及或者得到及时的纠正，比如偷跑单等等。
对于企业而言，一直力求通过制度去规范与约束专卖店的行为。然而缺乏资源的制约，使得制度并不能取得很实际的效果，加盟商以至根本不买账。
总而言之，规范体系的落实，更需要资源性的制约做后盾。而对专卖店而言，意识到规范化管理与销售之间的关系，才能够放下对企业管理制度的成见，避免被“管”，而是主动去管，并争取利于专卖店经营的企业资源。
督导与店老板之间的矛盾：督导只是一种泛指，代表的是企业方。不少企业都有专门的店面管理与辅导人员，尽管，督导与店老板没有基于个人的矛盾，但代表企业的督导，是企业与店老板打交道的直接人，而督导承受的来自业绩方面的压力，往往可能使得其在工作中更侧重于与自己利益相关的方面，比如催收账款。一些敏感的利益关系，当然也会使得督导与店老板走的很近，以至姑息专卖店某些方面的违规。还有一种情况是，店老板把对企业的抱怨直接撒到督导身上，比如压货、换样及推广活动等方面的压力与不配合。
如何化解督导在执行企业政策、辅导店面方面与店老板之间的矛盾，以至防范因此类矛盾而导致的危机，需要企业在督导绩效管理体系、专卖店服务体系等方面做好文章。
专卖店是作为企业开拓市场的一种通路模式，而专卖店又是加盟商创业的一种载体，不论对于谁，都是参与市场活动的终端。提升终端竞争力的首要关键，是厘清加盟商与企业之间方方面面的关系、矛盾。建立一个唇亡齿寒，一荣俱荣一损俱损的伙伴关系，才能使今后的经营健康发展。
